Ze względu na pracę ojca dzieciństwo spędził w Bielsko-Białej.
Po maturze przeprowadził się do Krakowa, gdzie studiował polonistykę na Uniwersytecie Jagiellońskim. W trakcie studiów poznał swoją przyszłą żonę Barbarę.
Na dużym ekranie zadebiutował epizodyczną rolą w Trzeciej części nocy.
Zagrał w takich dziełach polskiej kinematografii jak Przypadek, Seksmisja, Dziady, Kingsajz, Dekalog, Uprowadzenie Agaty i Historie miłosne.
Współpracował m.in. z Andrzejem Wajdą, Krzysztofem Kieślowskim, Feliksem Falkiem i Agnieszką Holland.
W latach 1990-1996 i 2002-2008 był rektorem Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Krakowie.
Jest członkiem Europejskiej Akademii Filmowej i Polskiej Akademii Filmowej.
W 2011 roku wydał książkę Stuhrowie. Historie rodzinne.
W 2014 roku wyreżyserował komediodramat Obywatel, w którym tytułowego bohatera zagrał on sam i jego syn Maciej Stuhr.