Tras varios cortos dirigió en 1987 su primer largometraje, Tu novia está loca, comedia de enredo que contó con actores ya conocidos: Antonio Resines y María Barranco.
Ha llevado varios trabajos del escritor Arturo Pérez-Reverte al cine. Primero fue Cachito y más tarde también hizo la adaptación cinematográfica de El club Dumas.
Urbizu pasó unos siete años sin dirigir buscando financiación para llevar al cine la novela Esos cielos, de Bernardo Atxaga. Este fracaso le inspiró escribir una película sobre un atraco a un banco, La caja 507, con Antonio Resines y José Coronado como protagonistas. Con este thriller consiguió en el año 2002 dos premios Goya y varios premios en otros festivales.
Su cinta No habrá paz para los malvados ha recibido catorce nominaciones a los premios Goya 2012, dos de ellos al Mejor director y Mejor guion original.
Además, desde 2006 Urbizu es vicepresidente de la Academia de Cine en España.
Uno de sus últimos trabajos es la serie "Libertad", para la plataforma Movistar+.